وفى أكتوبر سنة 1964 صدر قرار رئيس الجمهورية رقم 3298 فى شأن قيام الهيئة العامة للتأمين الصحى بتنفيذ التأمين الصحى المنصوص عليه فى القانون رقم 63 لسنة 1964 ونص فى مادته الأولى على أن تنقل الى الهيئة العامة للتأمين الصحى المنشأة بقرار رئيس الجمهورية رقم 1209 لسنة 1964 المشار إليه إختصاصات الهيئة العامة للتأمينات الإجتماعية فى شئون التأمين الصحى المنصوص عليها فى الباب الخامس من القانون رقم 63/64 وقد نصت المادة الرابعة من ذات القرار على أن تؤول الى الهيئة العامة للتأمين الصحى المستشفيات والمستوصفات والصيدليات والمخازن وعلى العموم جميع الوحدات العلاجية التابعة للهيئة العامة للتأمينات الاجتماعية وهكذا آلت مستشفى صيدناوى للهيئة العامة للتأمين الصحى.

أنشأت القوات المسلحة المستشفى بشارع مجرى العيون بمنطقة زينهم عام 1957

تم إفتتاح المستشفى بعد إجراء عمليات التجديد والتحديث والتطوير فى 16 نوفبر سنة 1997